灵山万佛殿位于承载灵山大佛的莲花座下的基座内。公元一九九七年十一月十五日，灵山大佛开光，与之同时开光的3500尊灵山小金佛及9999尊灵山大佛之真身佛像便置于此殿内。著名高僧茗山长老为大殿施行了开殿洒净法事。

 开光之后，小金佛移至他处，9999尊灵山大佛之身佛像仍供奉在殿内搭设的台阶上，气势恢宏，再现了传说中"万佛朝宗"之盛况，是目前供奉释迦牟尼铜像最多的佛殿。殿内采用现代装饰，铺设地毯，中央悬挂着"神州五方五佛"的巨幅国画。