甘孜州地理独特，属横断山北段川西高山高原区，青藏高原的一部分。境内山峰高耸，河谷幽深。大雪山和沙鲁里山纵贯全境。地势由西北向东南倾斜，北高南低，中部突起，东南缘深切，地面平均海拔3500火米。5000米以上山岭，终年积雪，冰川发育。最高峰贡嘎山7556米，其东坡的大渡河谷地，水平间仅隔29公里，而相对高差达6400米。地貌分为高原、山原、高山峡谷三大类型。气候属高原型季风气候，复杂多样，地域差异显著。在高山峡谷地区，山脚和山顶高差悬殊，气候也随着高度变化，相差20--30度。各县城所在地年均气温15.4--1.6度之间。年均气温多数地区在8度以下，最底气温(丘状高原地区和中部高山原地区)在－14以下，其中北部大部分地区及南部理塘、稻城等高海拔地区低于-20以下，石渠低达-37.7。常年降水量在325--920毫米。常年日照时数1900--2600小时，年总辐射量一般120--160千卡/平方厘米。历年平均霜日为18--228天。无绝对无霜期。